肉芽肿性结肠炎又称大肠克罗恩氏病或局限性结肠炎。以前认为克罗思氏病多发生回肠，亦可波及到小肠上段和结肠。近些年来发病在结肠、直肠和肛门的更为多见。这病是一种原因不明的大肠发炎，是分段性，有肉芽肿性，溃疡性/坏死性和瘢痕性的病变。常引起肠腔狭窄和梗阻，肠腔感染，肠瘘形成。发生癌变较少。手术指征，切除范围，预后与溃疡性结肠炎不同。男与女无显著差别。发病在小肠和结肠的多在青壮年，在乙状结肠和直肠的多在年岁较大的病人，45岁以上的较多见。

病因学说虽多，但尚无定论。其中有细菌、病毒、霉菌、原虫感染或过敏学说。但并未能发现任何病原体，也未证明与发病有明显关系，也有人认为与腹部外伤累及淋巴组织，神经精神因索有关系。淋巴水肿或淋巴管梗阻，脂肪代谢异常与发病也有关系。然均未能确证。

肉芽肿性结肠炎的病理特征是局限于一处或多处肠管的肉芽肿性炎症改变，可见于一段结肠，全部结肠，乙状结肠，直肠，结肠及小肠，也有的发生在肛门。如病变是多发性的，病变部位之间有正常肠管，病变部位与正常肠管的界限明显。

初期肠壁呈鲜红色，水肿充血，静脉及毛细血管扩张，浆膜层有纤维性渗出物。病变主要在粘膜下层，有淋巴细胞和浆细胞浸润。淋巴管内皮增殖，梗阻和扩张。淋巴水肿和结缔组织增生，形成假结核性结节，肠系膜淋巴结肿大。病程发展，粘膜下层明显变厚，粘膜可发生深浅不同的溃疡。在病变晚期，粘膜破坏成横裂和纵行溃疡。肠壁全层因纤维组织增生，变厚、变硬、肠腔狭窄，肠管粘连、肠系膜脂肪水肿和增厚、淋巴结明显肿大。由于继发感染，可引起慢性肠穿孔，发生脓肿，与内脏粘连，形成炎性肿块。破溃后生成通到腹内或腹外的瘘管。